začal studoval hru na varhany u svého otce, pak pokračoval u Jaroslavy Potměšilové a Jiřího Ropka na Pražské konzervatoři a dále u Jana Hory na Akademii múzických umění v Praze. V letech 1982 až 1983 studoval u Viktora Lukase na Vysoké hudební škole v Kolíně nad Rýnem. 

Mimo jiné získal v roce 1984 titul laureáta na mezinárodní interpretační soutěži Pražského jara. 

Od roku 1988 je Jan Kalfus pedagogem na varhanním oddělení Pražské konzervatoře.

Samostatně koncertuje doma i v zahraničí od roku 1979 a během své koncertní dráhy vystoupil ve většině evropských států, v Mexiku, USA, Koreji Japonsku, JAR, Austrálii a Novém Zélandu.

Spolupracuje s významnými soubory a orchestry, např. s Kühnovým dětským sborem, se souborem Schola Gregoriana Pragensis, s Českou filharmonií, Symfonickým orchestrem hl. m. Prahy FOK, Symfonickým orchestrem Českého rozhlasu nebo s Národním divadlem. 

Dvacet šest let byl varhaník v kostele sv. Antonína na Strossmayerově náměstí v Praze. 

Více než třicet let je varhaníkem Univerzity Karlovy, kde v roce 2016 převzal z rukou rektora prof. MUDr. Tomáše Zimy stříbrnou medaili